Posso proibir o empregado vir de bicicleta para o trabalho se ele recebe o Vale Transporte?

Posso proibir o empregado vir de bicicleta para o trabalho se ele recebe o Vale Transporte? Como faria isso, com advertência verbal ou por escrito? E se ele não quiser assinar a advertência? Existe um rito para isso do tipo primeira ocorrência, adverte, segunda ocorrência o suspende por 01 dia de trabalho, etc? Onde encontro essas regras, no Código Civil?