Nota fiscal eletrônica recebida de contratados

Recebi diversas notas fiscais eletrônicas de contratados. Por exemplo, o valor da nota é de R$2200,00. Estão discriminados os valores de COFINS R66,00, CSLL R$22,00, e PIS R$14,30. No final da nota tem "Valor líquido a pagar - R$2097,70, que é o valor da nota menos os impostos. Minha administradora está pagando diretamente a contratada o valor de 2097,70 e recolhendo os impostos em separado. Pergunto porquê ela faz isso e não paga o valor da nota de 2200,00?