Funcionário não registrado o que fazer?

Tenho um funcionário de extrema confiança que trabalha no predio desde Outubro de 2004. O mesmo nunca foi registrado. Gostaria de saber que tipo de documento eu faço para dar a ele uma indenização ( e ele abrindo mão de seus direitos até a data de hj) Ja falei com funcionário e ele concordou em receber uma quantia e abrir mão dos anos passados. E a partir da data do acordo irmos registar ele no Sebrae como autônomo, pois o mesmo só trabalha 3 horas por dia. Podem mim dar um modelo deste acordo?